Die Überschwemmungen sind eine Folge des anhaltenden Regens im Zusammenhang mit dem Wetterphänomen El Niño. Hilfsorganisationen warnten bereits vor einer steigenden Zahl von Cholerafällen und anderen Krankheiten, die durch stehendes Wasser ausgelöst werden, in den betroffenen Gebieten. Besonders dramatisch ist die Lage in ländlichen Gebieten und städtischen Slums ohne Kanalisation.
In den vergangenen Jahren waren Somalia, aber auch der Nordosten Kenias und Teile Äthiopiens schwer von Dürre gezeichnet. Die Regenzeiten, die eigentlich zwei Mal jährlich auftreten, fielen fünf Mal in Folge aus.
Das durch eine Erwärmung des tropischen Pazifiks entstehende El Niño-Phänomen verursacht unter anderem eine „Umkehrung“ des Wetters mit schwerem Regen in Dürregebieten und Trockenheit in sonst niederschlagsreichen Gebieten. Das Phänomen ist in der Regel alle zwei bis sieben Jahre zu beobachten. Klimaforschern zufolge verstärkt die voranschreitende Klimaerwärmung besonders heftige El-Niño-Ereignisse.